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Registre phytosanitaire 2026-2027 : le mode d'emploi complet

Ce que tu notes à chaque traitement, combien de temps tu le gardes, qui vient le contrôler et ce qui change avec le passage au numérique.

Rédigé par Victorien Binant (Agriia) · Publié le 13 juin 2026 · Mis à jour le 2 octobre 2026

Le passage au numérique a été reporté d'un an : l'enregistrement électronique des traitements s'appliquera aux utilisations réalisées à partir du 1er janvier 2027 (règlement (UE) 2025/2203). En attendant, l'obligation de registre existe depuis 2009, et son contenu est renforcé dès 2026 par l'arrêté du 24 décembre 2025.

Voici ce que tu dois noter pour chaque traitement, combien de temps le garder, qui te contrôle, ce que tu risques, et comment ne plus jamais le faire à la main.

L'essentiel en 4 lignes

Obligation : registre depuis le règlement (CE) 1107/2009 et l'arrêté du 16 juin 2009 ; contenu renforcé dès 2026 (arrêté du 24 décembre 2025) ; numérique obligatoire pour les utilisations à partir du 1er janvier 2027 (règlements (UE) 2023/564 et 2025/2203).
Contenu : produit et autorisation, date et heure le cas échéant, dose, parcelle, surface, culture et stade lorsque pertinent, puis les compléments prévus par l’arrêté français.
Conservation : 5 ans minimum.
Contrôle : les suites dépendent du manquement constaté et du régime de contrôle applicable.

1. Contenu renforcé en 2026, numérique obligatoire en 2027

Réponse directe : tenir un registre des traitements est obligatoire depuis 2009 ; son contenu est renforcé à partir de 2026, et l'enregistrement au format numérique devient obligatoire pour les utilisations réalisées à partir du 1er janvier 2027.

Trois textes se superposent. Le règlement (CE) 1107/2009, à son article 67, impose à tout utilisateur professionnel de produits phytopharmaceutiques de tenir des registres des produits qu'il utilise, précisé en droit français par l'arrêté du 16 juin 2009.

L'arrêté du 24 décembre 2025 renforce le contenu exigé à compter de 2026 et porte la conservation à au moins cinq ans.

Enfin, le règlement d'exécution (UE) 2023/564, dont l'application a été reportée d'un an par le règlement (UE) 2025/2203 (voté à l'unanimité des États membres), impose l'enregistrement sous forme électronique pour les utilisations à partir du 1er janvier 2027 :

conversion électronique au plus tard le 31 janvier suivant l'année d'utilisation (30 jours à partir de 2030) ;
transmission aux autorités sous 10 jours ouvrables en cas de contrôle.

En clair : la conversion électronique est l’échéance à préparer. Un tableur peut être accepté s’il contient toutes les informations et respecte le format demandé ; un logiciel facilite surtout la saisie, les contrôles de cohérence et l’export. Pour une vue d'ensemble de l'obligation côté outil, lis aussi notre page logiciel registre phyto.

Agriia prépare un enregistrement électronique exportable. L’adéquation au format demandé doit être vérifiée contre la version en vigueur des textes et du schéma de transmission.

2. Ce qu'on note pour chaque traitement

Réponse directe : le socle européen impose le produit et son numéro d’autorisation, la date et l’heure lorsque pertinente, la dose, la parcelle, la surface et la culture avec son stade lorsque pertinent. L’arrêté français complète ce socle. L’enregistrement doit être réalisé sans retard injustifié.

Les données obligatoires

Produit et numéro d'AMM, autorisation de mise sur le marché, vérifiable sur le référentiel officiel ANSES e-phy (ephy.anses.fr). L'AMM conditionne les usages autorisés et la dose homologuée.
Parcelle ou îlot traité, et culture concernée (avec son stade le cas échéant).
Date du traitement.
Dose ou quantité appliquée, ramenée à l'hectare, et surface traitée.
Cible visée lorsqu’elle est demandée ou utilisée pour déterminer la dose de référence IFT.
Mesures d’atténuation et conditions d’emploi prévues par l’autorisation et l’étiquette, à contrôler séparément du calcul IFT.
Compléments français prévus par l’arrêté du 24 décembre 2025, selon le type d’utilisation.

Et l'IFT dans tout ça ?

L'IFT (indicateur de fréquence de traitements) ne se saisit pas : il se calcule à partir des doses appliquées rapportées aux doses de référence. Mais un registre complet permet de le reconstituer pour les dispositifs qui le demandent et pour le suivi Ecophyto. Pour situer ton intensité de traitement face aux références, regarde IFT face à la moyenne Agreste Hauts-de-France.

3. Combien de temps conserver le registre

Réponse directe : 5 ans minimum.

L'article 67 du règlement (CE) 1107/2009 fixe un minimum de trois ans ; l'arrêté du 24 décembre 2025 porte la durée à au moins cinq ans après l'enregistrement (article 3). C'est donc cinq ans qu'on retient pour le registre.

Les autres pièces suivent leur propre durée de conservation ; vérifie le texte ou le cahier des charges qui leur est applicable :

les justificatifs d'achat d'intrants (factures, bons de livraison) ;
les certificats CEPP (certificats d'économie de produits phytopharmaceutiques) ;
les bulletins de santé du végétal (BSV) consultés avant intervention ;
la copie du Certiphyto en cours de validité de chaque opérateur.

Un registre numérique archive l'ensemble sans risque de perte. Cinq campagnes de classeurs, c'est exactement ce qui finit illisible ou égaré au moment où un inspecteur le réclame.

Dans Agriia, chaque campagne reste archivée et ressort en PDF daté en quelques secondes, l'export est inclus dès le plan Ferme.

4. Les contrôles : DGAL, DRAAF, SRAL

Réponse directe : les contrôles relèvent de la DGAL, exécutés par les DRAAF et leurs SRAL, et recoupés lors des contrôles de conditionnalité PAC et des audits de certification.

La DGAL (Direction générale de l'alimentation, ministère de l'Agriculture) pilote le dispositif. Sur le terrain, ce sont les DRAAF (directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt) via leurs SRAL (services régionaux de l'alimentation) qui réalisent les inspections. S'ajoutent :

la conditionnalité PAC, contrôlée par l'ASP, le registre étant une pièce vérifiée (via TELEPAC) ;
les audits de certification HVE, AB ou GlobalGAP, où le registre est exigé ;
l'OFB (Office français de la biodiversité) sur le volet protection de l'eau et respect des ZNT.

Un contrôle peut être inopiné. L'inspecteur demande généralement le registre des cinq dernières campagnes, vérifie la cohérence entre AMM, dose, cible et ZNT, puis recoupe avec les factures d'intrants.

Pouvoir sortir un export PDF daté en quelques secondes, plutôt que de fouiller un classeur, fait démarrer l'entretien sur de bien meilleures bases.

5. Les suites possibles d’un registre absent ou incomplet

Réponse directe : il n’existe pas une conséquence unique applicable à tous les contrôles. L’autorité ou l’organisme examine le manquement, le texte et le cahier des charges concernés.

Contrôle officiel

Les suites sont fixées par l’autorité compétente selon le manquement constaté.

Conditionnalité ou certification

Une incidence dépend de la règle effectivement contrôlée.

Contrat de filière

Les pièces exigées sont celles du contrat signé, à vérifier filière par filière.

6. Registre phyto et cahier d'épandage : à ne pas confondre

Réponse directe : ce sont deux documents distincts mais souvent contrôlés ensemble.

Le registre phyto trace les produits phytopharmaceutiques. Le plan de fumure prévisionnel et le cahier d'épandage tracent les apports d'azote, exigés par la directive nitrates 91/676/CEE et les programmes d'actions régionaux applicables en zone vulnérable.

Les durées de conservation sont proches et les deux documents tombent fréquemment dans le même contrôle. Centraliser interventions phyto et apports d'azote dans le même outil évite de tenir deux registres parallèles, c'est l'objet du carnet de plaine numérique.

7. Comment Agriia prépare le registre à partir de la saisie

Réponse directe : tu déclares ton intervention une seule fois, en saisie rapide ou à la voix, puis tu relis les champs qui alimentent le registre.

Depuis le tracteur, tu dictes « bouillie X sur la parcelle Y contre le mildiou ». Agriia fait le reste :

rapproche le produit du numéro d'AMM publié par ANSES e-phy ;
présente les informations disponibles sur l’usage et les conditions d’emploi pour relecture ;
calcule un indicateur IFT avec la dose e-phy disponible et la part de surface traitée, avec repli à une dose pleine si la référence manque ;
horodate la fiche avec les conditions météo réelles du créneau ;
rattache l'opérateur et son Certiphyto ;
génère un export PDF à relire, à archiver ou transmettre à ton conseiller.

Le registre se met à jour à mesure des validations, sans double saisie et sans Excel à reconstituer la veille d'un audit. L’utilisateur garde la responsabilité de vérifier les données, l’usage autorisé, la dose, les conditions d’emploi et la conformité de l’export au format en vigueur.

Questions fréquentes

Le registre phytosanitaire devient-il obligatoirement numérique au 1er janvier 2026 ?

Non. En France, les utilisations antérieures au 1er janvier 2027 peuvent ne pas être converties. Pour les utilisations de 2027 à 2029 qui ne sont pas saisies directement au format électronique prescrit, l'arrêté du 24 décembre 2025 exige une conversion avant le 31 janvier de l'année suivante. À partir de 2030, le délai maximal est de 30 jours après l'utilisation. L'obligation de tenir un registre reste entière et les informations doivent être enregistrées sans tarder.

Que doit obligatoirement contenir le registre phyto en 2026 ?

Le socle européen comprend le nom du produit et son numéro d’autorisation, la date et, lorsque c’est pertinent, l’heure de début, la dose appliquée, l’identification et la surface de la parcelle, la culture et, lorsque c’est pertinent, son stade. L’arrêté français du 24 décembre 2025 complète ce contenu. L’enregistrement doit être réalisé sans retard injustifié. Les conditions d’emploi, dont celles liées au vent et aux zones non traitées, se vérifient sur l’AMM et l’étiquette du produit concerné.

L'IFT doit-il figurer dans le registre phyto ?

L'IFT n'est pas une donnée à saisir traitement par traitement. Il se calcule à partir des doses appliquées et des doses de référence officielles de la campagne, qui dépendent notamment du produit, de la culture et parfois de la cible. Ce référentiel IFT est distinct de la dose maximale de l'AMM. Un registre complet permet de reconstituer l'indicateur lorsque le dispositif suivi le demande.

Combien de temps faut-il conserver le registre phytosanitaire ?

Au moins 5 ans après l'enregistrement selon l'arrêté français du 24 décembre 2025. L'article 67 du règlement (CE) 1107/2009 fixe un minimum européen de trois ans. Les autres justificatifs ont leurs propres règles de conservation : leur durée ne se déduit pas automatiquement de celle du registre.

Qui contrôle le registre phyto et comment se passe un contrôle ?

Les contrôles relèvent de la DGAL (Direction générale de l'alimentation) via les DRAAF et leurs SRAL (services régionaux de l'alimentation). Le registre est aussi vérifié lors des contrôles de conditionnalité PAC (ASP, via TELEPAC), des audits de certification (HVE, AB, GlobalGAP) et, sur le volet protection de l'eau, par l'OFB. Un contrôle peut être inopiné. L'inspecteur demande le registre des 5 dernières campagnes, vérifie la cohérence AMM / dose / cible / ZNT et recoupe avec les factures d'intrants. Un export PDF daté, prêt en quelques secondes, change la dynamique d'un contrôle.

Quelles sanctions en cas de registre phyto absent ou non conforme ?

L'absence ou l'incomplétude du registre peut être relevée lors d'un contrôle officiel. La suite dépend du manquement constaté, du texte appliqué et, pour une certification ou un contrat, du cahier des charges concerné. Il n'existe pas un montant ou un effet unique valable pour tous les contrôles.

Un fichier Excel suffit-il comme registre phyto numérique en 2026 ?

Oui, un tableur peut servir s'il contient toutes les informations exigées et permet l'export ou la transmission dans le format demandé. Une DRAAF rappelle qu'Excel est accepté. Un logiciel facilite la saisie et les contrôles de cohérence, mais son seul usage ne garantit pas l'exactitude des données ni l'adéquation au schéma réglementaire en vigueur.

Le registre phyto concerne-t-il aussi le programme d'actions nitrates ?

Oui, indirectement, via le cahier d'épandage. Le registre phyto trace les produits phytopharmaceutiques ; le plan de fumure prévisionnel et le cahier d'épandage tracent les apports azotés exigés par la directive nitrates 91/676/CEE et les programmes d'actions régionaux en zone vulnérable. Les deux documents sont contrôlés ensemble et conservés sur des durées proches. Un outil qui centralise interventions phyto et apports d'azote évite de tenir deux registres séparés.

Comment Agriia tient le registre phyto automatiquement ?

Tu déclares ton intervention à la voix ou en saisie rapide, puis tu valides les champs proposés. Agriia rapproche le produit du référentiel ANSES e-phy et prépare un export à relire. Agriia calcule un indicateur IFT à partir de la dose appliquée, de la dose homologuée e-phy disponible et de la part de surface traitée. Si la référence manque, le produit compte pour une dose pleine ; sans produit, aucun indice n’est affiché. Pour un engagement, vérifie avec le référentiel officiel de la campagne.

Aller plus loin

Le registre phyto n'est qu'une pièce de ta conformité. Sur la même logique réglementaire :

Sources : règlement (CE) 1107/2009, article 67, règlement (UE) 2023/564 et son annexe, règlement (UE) 2025/2203, arrêté du 24 décembre 2025, ANSES e-phy. Cette page est informative et ne se substitue pas aux textes officiels en vigueur.